Як передає Укрінформ, про це Інститут молекулярної біології і генетики НАНУ повідомив у Фейсбуці.

«На додаток до унікальних мікробних профілів у різних містах аналіз виявив основний набір 31 виду мікроорганізмів, знайдених у 97% зразків. Дослідники виявили 4 246 відомих видів мікроорганізмів, але водночас — 10 928 нових вірусів та 748 бактерій. Відкриття нових видів може допомогти у побудові філогенетичних дерев, щоб зрозуміти, як різні види мікроорганізмів пов’язані між собою», — йдеться у повідомленні.

В Інституті наголошують, що висновки дослідження мають багато потенційних практичних застосувань, на основі даних секвенування було знайдено понад 800 тис. нових масивів CRISPR (технологія редагування геномів). Крім того, висновки вказують на наявність нових антибіотиків та малих молекул, асоційованих з біосинтетичними генними кластерами (biosynthetic gene clusters, BGC), які мають потенціал в галузі розробки нових ліків.

Одним із наступних кроків є синтез і перевірка деяких з цих молекул і прогнозованих BGC медично та терапевтично.

Керівником проєкту від України є молодший науковий співробітник ІМБГ Аліна Фролова з Групи системної біології.

«Так, у київському метро ми виявили дуже типового представника шкірної мікрофлори людини — сutibacterium acnes, що в нормі зазвичай спостерігається у здорових людей. Ця бактерія входить до складу основних 31 видів, знайдених у всіх 60 містах, й ще раз свідчить про величезний вплив людини на міське середовище. Однак виявлено й види, які унікально характеризують київське метро, наприклад, Mycobacterium sp. VKM Ac-1817D – бактерія, вперше секвенована у 2015 році. Це непатогенна мікобактерія, що може здійснювати деструкцію природних стеринів з утворенням андростанів, які є ключовими проміжними речовинами для синтезу фармацевтичних стероїдів. Це не значить, що ця бактерія присутня у великих кількостях, або ми одразу можемо її використати з біофармацевтичною метою, однак пошук і виявлення нових бактерій зі схожими властивостями мають величезний потенціал», — розповідає дослідниця.

Як повідомили в Інституті, проєкт розпочався у 2013 році, коли голова консорціуму MetaSUB, професор медицини у Weill Cornell (WCM) Крістофер Мейсон почав збір та аналіз зразків мікробів у метрополітені Нью-Йорка. У 2015 році з ініціативи вченого було створено Міжнародний консорціум MetaSUB (скорочення від Metagenomics and Metadesign of Subways and Urban Biomes), який охопив не лише вивчення мікробіомів на твердих поверхнях, а й у зразках міського повітря, води та стічних вод. Київ приєднався до проєкту в 2017 році.

Щороку 21 червня MetaSUB проводить глобальний збір зразків по всьому світу (Global City Sampling Day). Зразки збирають за допомогою стерильних свабів, що не містять ДНК і РНК, і відправляють до лабораторії WCM для централізованого виділення генетичного матеріалу і секвенування разом із позитивним та негативним контролями. Повногеномне секвенування дозволяє дослідити весь склад організмів, генетичний матеріал яких потрапив у зразок, що якраз і є об’єктом дослідження метагеноміки.

Міжнародний консорціум MetaSUB опублікував результати цього глобального дослідження у Cell.

Як повідомляв Укрінформ, Кабінет Міністрів встановив порядок використання коштів для створення на базі Інституту молекулярної біології та генетики НАН України спеціалізованої лабораторії для роботи з інфекційними матеріалами.

Фото: @IMBGNASU